Malgré le ralliement prôné  en 1892 par le pape Léon XIII, les milieux catholiques montrent toujours leur opposition à la Troisième République. Au début du XXème siècle se succèdent au pouvoir les ministères anticléricaux, celui de Pierre Waldeck-Rousseau notamment. Ce dernier, en 1901, est à l'origine de la loi sur les Associations, celle-ci précisant les conditions de formation d’une association au sein de la République. Une simple déclaration suffit ! En revanche, l’article 13 de ce même texte législatif stipule que les associations religieuses ne peuvent être formées qu’avec une autorisation de la Chambre des députés, ses membres se voyant également interdire le droit d’enseigner. Ajoutons que les préfets ont désormais un droit de contrôle sur les biens des associations religieuses. L’application de cette loi incombe au successeur de Waldeck-Rousseau, Émile Combes. Le 27 juin 1902, il dissout 120 Congrégations par décret. Dans les mois qui suivent, entre mars 1903 et juin 1903, le Parlement refuse toute nouvelle formation de congrégation. Enfin, la loi du 7 juillet 1904 interdit à toute congrégation le droit d’enseigner. L'expulsion de ces " associations religieuses " est la cause de troubles dans les provinces catholiques, ceux-ci préfigurant les violences perpétrées lors des inventaires en 1906. D'ailleurs, cette loi de 1901 a placé le conflit entre l’État et la religion catholique sur le plan de la loi. En cela, elle prépare la séparation de l’Église et de l’État.