A cette occasion, la France recule. Et l'événement africain, se transforme en une crise diplomatique, que relaie l'opinion publique nationaliste et la presse populaire. Pourtant l’habile négociateur qu'est Théophile Delcassé, ministre des Affaires étrangères, transforme cette renonciation sans gloire, en succès diplomatique. La crise de Fachoda permet en effet de réconcilier les deux puissances coloniales, puisqu’un accord est conclu dès le 21 mars 1899 qui fait disparaître les points de friction sur le continent africain. Celui-ci offre la totalité du bassin du Nil à l'Angleterre, qui renonce en échange à ses ambitions marocaines. Sont alors jetés les prémices d'une "Entente cordiale" entre les deux nations. Celle-ci se concrétise le 8 avril 1904 sous le ministère que dirige Émile Combes.