Trois mois après le capitaine Marchand, le 18 septembre 1898, une armée anglo-égyptienne de trois mille hommes de troupe commandée par Lord Kitchener parvient à Fachoda, après avoir remonté le Nil. Celui-ci ne compte pas laisser des " Européens quelconques " lui interdire de contrôler le cours du fleuve, de son delta jusqu’à ses sources ... Après quelques négociations, les Britanniques établissent un blocus autour de la place de Fachoda et la crise, de locale, devient très vite internationale. Les relations entre la France et le Royaume-Uni se tendent à un point qui fait craindre, l’espace d’un instant, qu’une guerre est possible. Après l’ultimatum anglais cependant, Théophile Delcassé, nouvellement nommé au Quai d'Orsay, donne l’ordre à l’officier français de se retirer, le 4 novembre suivant. Pour celui-ci cependant, le séjour africain est loin d'arriver à son terme. La "Mission Congo-Nil " devient la "Mission Marchand ". Avec l'ordre du Ministre des Affaires étrangères de quitter Fachoda, Marchand, nommé commandant,  qui ne veut ni faire marche arrière comme un vaincu, ni descendre le Nil chez les Anglais comme un prisonnier, a reçu du gouvernement l’autorisation de poursuivre sa route vers l’Est et Djibouti. Le 16 mai 1899, presque trois ans après avoir quitté la côte atlantique, l'expédition atteint le second objectif qui lui a été assigné, l’Océan Indien, réalisant ainsi la grande traversée Ouest-Est de l’Afrique. Quelques mois plus tard, le commandant Marchand reçoit un accueil triomphal à son débarquement à Toulon. A Paris, il est un nouveau héros national, son cortège étant suivi d’une foule qui le porte à travers la capitale jusque sous l’Arc de Triomphe. Son effigie s’achète sur des gravures, vignettes, cartes postales, assiettes …