Né à Riom dans le département du Puy-de-Dôme le 30 novembre 1814, Eugène Rouher est issu d’une famille de magistrats, son père est avoué. Il s’oriente dans un premier temps vers une carrière militaire, son apprentissage du métier des armes s’effectuant ainsi à l'École navale où il est boursier. Eugène Rouher quitte bientôt l’institution et effectue alors des études de droit. Celles-ci s’achèvent avec succès en 1838 et il devient rapidement un des avocats d'affaires les plus réputés de Riom.

Faisant partie désormais de la notabilité locale, Eugène Rouher décide d’entrée en politique. Il échoue cependant aux élections législatives de 1846 où il s’affiche en tant que candidat orléaniste dans la mouvance de François Guizot. La chute de la Monarchie de Juillet et l’avènement de la Seconde République lui offrent une seconde opportunité. Tardivement rallié au nouveau régime et de nouveau candidat à la députation du Puy-de-Dôme, Eugène Rouher est bientôt élu à l'Assemblée constituante, le 23 avril 1848.

Il s’inscrit alors dans la majorité des républicains modérés acquiesçant au vue de la politique conservatrice du gouvernement. Aux élections organisées le 10 décembre suivant afin de désigner un Président à la nouvelle République, Rouher se prononce ainsi en faveur du général Cavaignac, pourfendeur des émeutes des Journées de juin. Le 13 mai 1849, il est réélu sur la liste du parti de l'Ordre dominé par la personne d’Adolphe Thiers.



Dans les mois qui suivent, Eugène Rouher se rallie à la politique de l'Élysée et à son parti. Louis–Napoléon Bonaparte, sur la recommandation du comte de Morny, lui offre bientôt le portefeuille de la Justice, le 31 octobre 1849. Le nouveau ministre s’affirme alors à la Chambre des députés comme l’un des orateurs les plus remarqués du nouveau ministère. Soucieux d’une reprise en main du pays après la tourmente révolutionnaire, Rouher recommande aux différents procureurs de lui fournir des rapports mensuels sur " la situation morale et politique du département ", ceux-ci devant l’informer d’éventuels mouvements d’agitation populaire. Il entame aussi des poursuites contre la presse montagnarde. Son action est d’ailleurs rapidement facilitée par le vote du rétablissement de la censure le 16 juillet 1850. Eugène Rouher organise la déportation pour les prisonniers politiques, peine qui remplace la peine de mort, abolie par la loi du 26 février 1848 pour ce type de délits. Renversé le 19 janvier 1851, il recouvre son portefeuille le 10 avril mais l'abandonne le 26 octobre.

Le coup d’État du 2 décembre décide de son retour aux affaires. Le lendemain du coup de force bonapartiste, Eugène Rouher est de nouveau nommé au ministère de la Justice. Il organise alors la répression à la résistance républicaine à Paris et en Province, révoque également de nombreux juges de paix. Rouher est l’un des principaux rédacteurs de la Constitution, promulguée le 14 janvier 1852. Cependant malgré son adhésion au Prince-président, la confiscation des biens de la famille d'Orléans décidée quelques jours plus tard entraîne sa démission. Sa carrière se poursuit au Conseil d'État et Eugène Rouher demeure ainsi un des hauts dignitaires du nouveau régime. Il devient le vice-président de l’institution et s’occupe à la tête de la section de législation, de la Justice et des Affaires étrangères à la rédaction de projets de loi concernant l’organisation de la justice.



Quelques années plus tard, le 3 février 1855, lui est de nouveau confié un portefeuille ministériel, celui de l'Agriculture, du Commerce et des Travaux publics. Eugène Rouher occupera cette charge huit années durant pendant lesquelles il a la haute main sur l'économie du pays. Il s'attache alors à moderniser la France du Second Empire et est ainsi à l’origine d’une loi d'assainissement de la Brenne, des Dombes et de la Sologne. Le boisement des Landes, l'endiguement des fleuves et des cours d'eau sont encouragés sous son ministère. Le 11 juin 1859, la signature des conventions répartissant le réseau ferré français entre six grandes compagnies contribuent également au rapide essor des chemins de fer. Ses convictions libérales l’amènent à défendre le vote de la loi autorisant la constitution de S.A.R.L., le 23 mai 1863. Quelques années auparavant, Eugène Rouher fut d’ailleurs le principal négociateur auprès de la Grande-Bretagne du traité de commerce libre-échangiste conclu le 23 janvier 1860, à l’initiative de Michel Chevalier et Richard Cobden.

Pendant cette période, Eugène Rouher fait son entrée au Conseil privé. Après l’intermède de la présidence du Conseil d’État du 23 juin au 18 octobre 1863, l’Empereur Napoléon III lui confie de nouvelles responsabilités. Nommé ministre d'État, il a désormais en charge la défense au Corps législatif de l'ensemble de la politique gouvernementale. Ses nouvelles fonctions, son grand talent oratoire lui permettent de prendre peu à peu l'ascendant sur les autres ministres. A la mort du duc de Morny en 1865, Eugène Rouher devient le premier personnage du régime, le " vice-empereur sans responsabilité " selon le mot d’Émile Ollivier. Dans le secret des préoccupations internationales de Napoléon III, il n’est que peu partisan des réformes libérales initiées par l’Empereur. Cible privilégiée des attaques de la presse d’opinion, Eugène Rouher doit également faire face à la renaissance de l’opposition au Corps législatif. Comme il l'indique le 27 septembre 1867 dans une note à l'Empereur les deux évolutions sont selon lui liées.

Les élections législatives des 23 et 24 mai qui voient la victoire du Tiers parti sont pour lui un échec cuisant et sonne le désaveu de sa politique. Le ministre d'État démissionne le 17 juillet 1869, après avoir lu devant les députés assemblés le message de Napoléon III annonçant l’avènement prochain de l’Empire libéral. Celui-ci le nomme président du Sénat tandis que son rival Émile Ollivier forme le 2 janvier de l’année suivante un nouveau gouvernement.



La guerre franco-prussienne précipite bientôt la chute du Second Empire et voit l’avènement de la République, le 4 septembre 1870. Réfugié à Londres où il suit en exil l'Impératrice Eugénie, Eugène Rouher est de nouveau élu député en Corse en 1872, peu après son retour en France l’année précédente. Il apparaît alors comme le leader du parti bonapartiste au sein de la nouvelle Assemblée nationale. Le 24 mai 1873, celui-ci précipite la chute d'Adolphe Thiers, " chef du Pouvoir exécutif de la République " en joignant leur vote de défiance à celui des parlementaires légitimistes. Rouher votera également contre les lois constitutionnelles de 1875, appuyant néanmoins le maréchal de Mac-Mahon au 16 mai 1877. Après avoir abandonné la lutte politique en 1879 avec la mort du Prince impérial, il se retire de la vie publique en 1881. Eugène Rouher décède à Paris le 3 février 1884.