Fernand Pelloutier naît le 1^er octobre 1867 à Paris. Alors qu’il est âgé de douze ans, la famille Pelloutier s’installe à Saint-Nazaire où son père, fonctionnaire des Postes, vient d’être nommé. L’enfant entre bientôt  dans une pension religieuse où il est interne. Après deux tentatives de fugue, Fernand Pelloutier est chassé de l’institution pour avoir rédigé un roman anticlérical. Il intègre alors le collège de Saint-Nazaire. Brillant élève, le jeune homme échoue cependant au Baccalauréat en 1885.

Il essaie alors de vivre de sa plume en livrant des articles à quelques feuilles locales avant de collaborer à La Démocratie de l’Ouest, un journal d’opinion de tendance radicale. Aux côtés de son ami, l’avocat Aristide Briand, Fernand Pelloutier s’investit alors avec la gauche républicaine dans la campagne électorale qui précède les élections législatives, à l’automne 1889. Cependant, ses problèmes de santé s’aggravent, il souffre d’un lupus facial d’origine tuberculeuse, et l’obligent à prendre du repos. Après deux années de villégiature à la campagne, Fernand Pelloutier accepte alors les propositions qui lui sont faites, les fonctions de rédacteur en chef de La Démocratie de l’Ouest.



Cependant, cette période d’inaction a vu évoluer ses convictions politiques. Tandis qu’il adhère à la Bourse du Travail, Fernand Pelloutier se réclame maintenant du socialisme. Il milite d’ailleurs au Parti ouvrier français dont il crée la section locale, baptisée L’Émancipation, dans sa ville de Saint-Nazaire. Fernand Pelloutier publie en 1892 une brochure au thème révolutionnaire intitulée De la Révolution par la grève générale et rédigée en collaboration avec Aristide Briand. Le militant marxiste du P.O.F. participe également au Congrès régional de l’Ouest qui se réunit du 3 au 5 septembre de la même année. Il défend alors devant l’assemblée une "  proposition de grève universelle ", ce mouvement pacifique devant contribuer selon lui à ruiner le capitalisme. Celle-ci cependant n’obtient pas l’aval du leader du mouvement, Jules Guesde, d’avantage partisan de la " conquête des pouvoirs publics " ce qui conduit Fernand Pelloutier à la démission.

Il s’installe alors à Paris la même année, son père ayant obtenue une nouvelle mutation. Fernand Pelloutier fréquente dès lors les milieux libertaires de la capitale. Après avoir rencontré Émile Pouget, il collabore à différentes revues comme L’Aurore, L’Art social ou Le Journal du Peuple de Sébastien Faure. Peu partisan des méthodes violentes et de la propagande par le fait, il se tient à l’écart de la " secte ravacholienne ". En 1895 d’ailleurs, Fernand Pelloutier définit sa pensée dans un article, intitulé L’Anarchisme et les syndicats ouvriers, qui paraît le 20 octobre dans la revue Les Temps nouveaux. Il enrichit ainsi sa vision de l’action syndicale, celle-ci ayant vocation à mobiliser les énergies de la classe ouvrière en vue de la grève générale. Désormais Fernand Pelloutier n’exclue pas le recours à la force.



Le même année, au Congrès de Nîmes, il est nommé secrétaire général de la Fédération nationale des Bourses du travail. C’est au développement de ces associations ouvrières que Fernand Pelloutier va désormais consacrer l’essentiel de son temps. Celles-ci représentent en effet à ses yeux l’avenir de la cause ouvrière et libertaire. Il milite ainsi pour défendre l’indépendance de la fédération vis à vis des courants politiques et des syndicats de métier, notamment de la C.G.T. (Confédération générale du travail) créée en 1895. Ces organismes de solidarité ouvrière que sont les Bourses du travail possèdent en effet différents services de mutualité : Bureaux de placements, caisses de solidarité et de maladie … Fernand Pelloutier s’attache également au développement des services d’éducation et de formation et contribue au lancement d’une revue, L’Ouvrier des deux Mondes, dont le premier numéro paraît le 1^er février 1897.

Au cours de ces années et sous l’impulsion de leur dirigeant, les Bourses du Travail connaissent un développement appréciable. Fondées les 7 et 8 février 1892 au Congrès de Saint Etienne, le nombre des Bourses passent ainsi de 33 en 1894 à 81 en 1901. Cependant, harassé par le travail, Fernand Pelloutier souffre bientôt d’une hémoptysie. Au mois de janvier 1899, il s’installe à Sèvres et vit alors dans la gène. C’est pourquoi Alexandre Millerand, à l’époque ministre du Commerce, lui obtient un poste d’enquêteur à l’Office du travail grâce à l’initiative de son ami Georges Sorel, à la sollicitation de Jean Jaurès. Au mois de septembre de l’année suivante, Fernand Pelloutier participe au huitième congrès de la Fédération des Bourses du Travail qui se tient à Paris. Il s’attache alors à récuser les attaques dont il fait l’objet, l’accusant de s’être inféodé à l’État, tout en agissant de manière à concilier les différentes tendances représentées. D’ailleurs, à partir du mois de juin 1898, Fernand Pelloutier est nommé secrétaire général de la Chevalerie du Travail, une organisation secrète qui a vocation a rapproché les différentes facettes du monde ouvrier et syndical.



Après avoir écrit une Histoire des Bourses du Travail ainsi qu’un ouvrage intitulé La Vie ouvrière en France, Fernand Pelloutier décède le 13 mars 1901 à l’âge de trente-trois ans, dans son pavillon du quartier des Bruyères à Sèvres.