Alfred Firmin Loisy naît le 28 février 1857 à Ambrières, dans une famille de paysans. Alors que sa constitution chétive l’empêche de travailler la terre, Loisy se révèle intelligent et pieux. Aussi, il s’oriente vers une carrière ecclésiastique. Après des études effectuées au collège de Saint-Dizier puis au grand séminaire de Châlons-sur-Marne, son évêque l’envoie, en 1878, à l’Institut Catholique de Paris, qui vient d’être créée, afin d’y obtenir une licence en théologie. Loisy étudie alors sous la direction de l’abbé Duchesne, historien des religions réputé. Il suit également des cours d’assyriologie, d’égyptologie ainsi que les cours d’hébreu d’Ernest Renan au Collège de France. Loisy est ordonné prêtre en 1879. Il obtient la charge de plusieurs paroisses rurales.

En 1881, grâce à sa solide formation, il devient professeur d’exégèse à l’Institut Catholique de Paris. Sa méthode d’analyse des textes bibliques est basée sur la critique historique. Cependant ses premières publications dans la Revue du clergé français inquiètent. Elles sont jugées trop modernes et critiques vis à vis de l’enseignement catholique traditionnel. En 1890, Loisy soutient sa thèse sur le Canon de l’Ancien Testament. Il est reçu mais critiqué et bientôt contraint de démissionner de son poste de professeur en 1893. L’archevêque de Paris lui assigne alors une fonction obscure : Loisy est chargé de l’aumônerie d’un pensionnat de jeunes filles à Neuilly. Il profite alors de son temps libre pour mettre au clair sa pensée. L’idée directrice de celle-ci est que la religion est une force immense qui domine l’histoire de l’humanité et représente la vie morale du genre humain.



En 1898-1899, Loisy rédige un traité La vraie foi dans le temps présent qui reste inédit. Sa valeur est cependant reconnue. Il devient lecteur à l’École des Hautes Études, à la Sorbonne, en 1900. En 1902, il publie L’Évangile et l’Église. Cet ouvrage est une réponse aux travaux du protestant libéral Adolf von Harnack, qui est également un historien. Ce dernier pense qu’il est nécessaire de séparer ce qui relève de l’Évangile de ce qui relève de l’histoire afin de ne conserver de la tradition que ce qui est nécessaire à la foi. Il affirme notamment que l’Église chrétienne s’est créée contre l’Évangile. Au contraire, Loisy affirme que l’on ne peut séparer Évangile et histoire car Jésus prêche dans l’histoire l’arrivée du Royaume des Cieux. Ainsi, il estime que si la notion d’Église est étrangère à l’enseignement de Jésus, elle est la preuve de la réalité du message de Jésus. Selon lui, il était nécessaire que l’Évangile se fonde dans l’histoire. Loisy affirme également que les dogmes chrétiens sont des interprétations humaines du message de Jésus et que les évangiles ne sont pas des documents historiques rapportant de manière fiable la vie de Jésus mais des documents catéchétiques exprimant la foi des premiers chrétiens. Loisy ne rejette pas la tradition, cependant, il note que si la Vérité est immuable, il est tout de même possible de modifier ses représentations.



Dès 1903, Alfred Loisy rédige la première synthèse de sa pensée, intitulée Autour d’un petit livre. Il y situe le fait religieux et notamment le christianisme dans l’histoire de l’humanité. Loisy présente la religion comme le moteur de l’évolution de l’humanité dans l’ordre intellectuel, esthétique et social. Il estime ainsi que l’humanité progresse grâce à la religion. Les idées de l’exégète français dérangent et, le 16 décembre 1903, ses livres sont mis à l’Index. L’année suivante, il quitte son poste aux Hautes Études. A cette époque, Loisy est devenu un des chefs de file du mouvement moderniste. Il refuse de se soumettre à l’encyclique Pascendi du 8 septembre 1907 qui critique ce courant de pensée et est excommunié le 7 mars 1908, année où paraît son Commentaire des évangiles synoptiques.

La carrière professorale de Loisy est cependant relancée, puisque l'année suivante, il est élu professeur d’histoire des religions au Collège de France. La dureté de la première Guerre mondiale lui fait prendre conscience du caractère dramatique et douloureux de l’évolution humaine. Sa pensée s’en trouve modifiée et il estime que l’Église chrétienne a trahi sa mission. Loisy aborde désormais la religion d’un point de vue politique. L’homme a besoin d’une religion car celle-ci aide à vivre mais il doit s’affranchir de celles existantes. Loisy publie régulièrement : Les Mystères païens et le Mystère chrétien en 1919, Les Actes des Apôtres en 1925. Il prend sa retraite du Collège de France en 1931 et continue toujours d’écrire : La naissance du christianisme en 1933 et Les origines du Nouveau Testament en 1936.



Après une existence solitaire entre Paris et Ceffonds, en Haute-Marne, Loisy décède à Ceffonds, le 1er juin 1940.