Emmanuel d’Alzon naît le 30 août 1810, à Vigan, dans le département du Gard. Ses parents, notables du lieu, l’élève dans les préceptes de la religion chrétienne. Le 13 octobre 1823, la famille d'Alzon s'installe à Paris, à l'hôtel Crapelet, au 9 de la rue de Vaugirard. Emmanuel quant à lui suit les cours du collège Saint-Louis. L’année suivante, il est admis, en tant qu’externe, au collège Stanislas. C’est d’ailleurs au sein de cette institution réputée qu’il achèvera ses études en 1828. Le jeune homme épouse à cette époque les opinions du catholicisme libéral, porté par l’abbé Félicité de Lamennais, Charles de Montalembert et Frédéric Ozanam, les « Pélerins de la liberté ». Ainsi, il entre dans l’association pour la défense de la religion catholique, créée au mois de mai 1828 par l'abbé de Salinis. Emmanuel d’Alzon fréquente également les conférences religieuses, la Société des Bonnes Etudes, qui se réunit dans la pension Bailly.

Suivant la volonté de son père, il entame des études de droit, mais montre très tôt sa une vocation au sacerdoce. Après s’en être ouvert à ses parents, Emmanuel d’Alzon entre au séminaire de Montpellier, au mois de mars 1832. Le 16 juin suivant, l'abbé d'Alzon reçoit la tonsure, puis, après une année de réflexion, les ordres mineurs, avant de se décider à gagner Rome. Dans la cité pontificale, de l’automne 1833 au printemps 1835, il poursuit ses études ecclésiastiques chez les religieux Minimes, à Sant'Andrea delle Fratte. De retour en France, Mgr de Chaffoy, évêque de son diocèse d'origine, le nomme chanoine honoraire et vicaire général honoraire de Nîmes, le 8 novembre 1835. Résidant rue de l'Arc-du-Gras, le prêtre œuvre auprès de la jeunesse, assurant la prédication du carême et de l'avent en 1836 et en 1837. 



L’abbé d'Alzon se consacre également à l’enseignement à la pension Vermot, placé sous le patronage de l'Assomption. De 1844 à 1849, de multiples agrandissements accroissent la place qu’occupe dans la ville de Nîmes l’institution sise avenue Feuchères. S’étant rendu entre temps à Turin, au cours de l’été 1844, au chevet de son beau-frère de Puységur malade, le religieux fait vœu d'humilité sacerdotale dans l’église de la Consolata. Ayant obtenu le plein exercice pour son établissement scolaire de Nîmes, l'abbé d'Alzon songe à présent à un projet de plus grande ampleur : la fondation de la Congrégation de l'Assomption. A ses collaborateurs, les 29 et 30 septembre 1845, il donne ainsi lecture de la Règle de l'Association de l'Assomption, qui naît le 25 décembre suivant avec leur approbation. 

A Paris, un pensionnat s’installe rue du faubourg Saint-Honoré, la chapelle de l’institution étant bénie, le 12 octobre 1851. C’est à cette occasion que les premiers religieux de l’ordre revêtent leurs habits. Le 31 juillet précédent, son fondateur est nommé membre du Conseil supérieur de l'Instruction publique. Deux années plus tard, le collège est transféré dans la propriété de Clichy-la-Garenne. Celui-ci comptera quelques dizaines d’élèves jusqu’en 1860. Au mois de janvier 1855, à Nîmes et au pensionnat de Saint-Maur, le père d’Alzon inaugure l'association de Saint François de Sales. Celle-ci a pour but de recueillir des prières et des aumônes en faveur d'orphelinats nîmois ouverts aux enfants protestants. Cette œuvre complète son apostolat auprès des populations gagnées à la Réforme. Le 19 mars suivant, à Paris, Mgr de Ségur en devient le président, celle-ci ayant vocation à s’étendre à la France entière.

Le 19 mai 1854, le père d’Alzon est frappé d'une attaque cérébrale. Il se retire donc à Lavagnac, laissant à ses proches le soin de poursuivre son action. Quelques années plus tard, s’étant rétabli, ce sont les affaires de Rome et l’unité italienne en marche qui vont le préoccuper. Comme nombre de prélats français, le père d’Alzon défend l’idée du maintien des Etats pontificaux, garant à ses yeux de l'indépendance du Saint-Siège face aux puissances européennes. A Nîmes, les pensionnaires de la Maison de l'Assomption s'exaltent à glorifier le pape Pie IX et son action, autour d’un enseignement ultramontain, de parades militantes dans la ville. A Paris, la première fondation de l’Assomption déménage en 1861 la rue François Ier. Les religieux cependant souhaitent à présent étendre leur apostolat, de l’enseignement vers l’œuvre missionnaire répondant ainsi à l’appel de Mgr Quinn, évêque de Brisbane, en Australie. Les missions en Orient se multiplient également, au Liban notamment où les populations chrétiennes sont menacées par les violences commises à leur égard par les Druzes. En 1865, est aussi fondée à Paris l’ordre des Petites Sœurs de l'Assomption, qui se destinent à secourir les familles ouvrières et pauvres.



De Nîmes, le père d'Alzon gagne Rome au mois de novembre 1869, où s’est ouvert le Concile. Le 18 juillet 1870, est proclamé, à l’instigation de Pie IX, le dogme de l'infaillibilité pontificale. A son retour, le religieux est surpris par la déclaration de guerre de la France du Second Empire à la Prusse. Avec la défaite, viennent le siège de la capitale, puis la proclamation de la Commune. A Nîmes, le père d’Alzon apprend que quelques-uns de ses religieux sont détenus à Mayence, au delà du Rhin, s’étant engagés auprès des armées en tant qu’aumônier. Il recueille également les religieuses parisiennes. Devant la montée de l’anticléricalisme, Emmanuel d’Alzon décide de republier la Revue de l'enseignement chrétien, qui militera pour l'obtention de la liberté de l'enseignement. Le 24 janvier 1872, est également fondée l'Association de Notre-Dame de Salut, qui se donne pour mission d'assurer des secours aux œuvres ouvrières et d’organiser des pétitions afin d’obtenir une loi instaurant le repos hebdomadaire le dimanche, indispensable à la pratique religieuse.

Le père d’Alzon est également à l’origine de la création en 1873 du bulletin Le Pèlerin, un hebdomadaire illustré et à bon marché. Celui-ci relaie l'œuvre des pèlerinages de Notre Dame de Salut. Grace au développement du chemin de fer, ceux-ci conduisent chaque année les pèlerinages "nationaux" à Lourdes et à Rome, puis à Jérusalem avec la fin du siècle. Dès 1874, des malades sont emmenés en pèlerinage, assistés par les Petites Soeurs, et sont présentés aux piscines de Massabielle. Le père Emmanuel d'Alzon pour sa part se rend à Lourdes pour la première fois en 1868, soit dix années après les apparitions à Bernadette Soubirous. Il y reviendra régulièrement dans les années qui suivent, se liant d'amitié avec le curé de Lourdes, l'abbé Peyramale, qui se consacre tout entier à la construction du sanctuaire. L’abbé d’Alzon accompagne ainsi ce renouveau de piété qui donne un nouveau statut à Paray-le-Monial et préside à la construction du Sacré-Cœur de Montmartre.



Le 1er mars 1877, dans un écrit qu'il intitule Novissima verba, le père Emmanuel d'Alzon rédige son testament spirituel. Celui-ci est en particulier destiné à la lecture des frères de l’Assomption, les engageant à toujours œuvrer contre le monopole de l'université, contre les « sociétés secrètes » et l'unité de l'Eglise sous l’autorité du pape de Rome. Pour assurer l'avenir de sa Congrégation, il opte pour la division en provinces en 1876, avant de nommer, le 21 octobre 1880, le père Picard vicaire général, le chargeant ainsi de la direction de la Congrégation. Le père Emmanuel d’Alzon décède à Nîmes, le 21 novembre 1880.